Наткнулся на параметр реестра
Код:
HKLM\System\StorageManager\Profiles\SDMemory\FATFS\MountAsROM
если установить равным 1,
то WinCe объединяет содержимое папки Windows, находящуюся на карте памяти с основной.
При одинаковых именах приоритет должен отдаваться файлу на карте памяти.
Проверил - работает.