Конечно без разницы, комиссия оплачивается в любом случае, хоть в кредите она, хоть отдельным платежом.
Выгоднее будет тогда, когда эту комиссию вернут на основании решения Президиума ВАС
http://mvf.klerk.ru/otvets/otv0127.htm
Таким образом, условие договора о том, что кредитор за открытие ссудного счета взимает единовременный платеж, не основано на законе и является нарушением прав потребителя.
Собираюсь воспользоваться этим, когда кредит погашу.