Я думаю так - проблема не в кодеке, а в контейнере. Если у вас контейнер mov, то он требует установки QuickTime, который даже не знаю есть ли на WinCE, а вот если контейнер будет MP4, то скорее всего воспроизведет. Но в любом случае, видимо, с регистратора не получится смотреть без QT
