Ну нашёл проблему.
Сначала переустановил Яндекс Нави и перенёс карты в память телефона.
Не помогло.
Начал копаться в сети и наткнулся на совет техподдержки Яндекса: "Отключите в настройках телефона более точное определение местоположения с помощью сотовых станций и wifi".
Отключил - и всё заработало как часы!
Яндекс Навигатор тормозить перестал!
