Для меня это очевидное преимущество - сложил туда все, что может потребоваться (запас омывайки, складная лопата, тросы, браслеты для бездорожья, резиновые сапоги и т.п.), и багажник остается пустым. А без подпола приходится придумывать - где все это хранить. Купил специальный органайзер, но пользоваться им не так удобно (если поставить вплотную к задним сиденьям, то далеко тянуться и брюки будут постоянно пачкаться об задний бампер; если поставить ближе к двери багажника - мешает при погрузке габаритных вещей). Вчера, например, пришлось его временно вообще убирать из багажника, чтобы в него поместился комплект зимних шин.
У каждого свой опыт и представления об удобстве. Для меня гораздо удобнее весь "шмурдяк", который может потребоваться, хранить в подполе и иметь при этом пустой багажник. При поездках в отпуск (когда багажник загружен) из подпола доставал то, что может потребоваться в дороге и размещал в багажнике рядом с дверью. А подпол в этом случае использовал как дополнительное место для вещей.
Сейчас перестраиваюсь на использование багажника без подпола. Уверен, что со временем привыкну, но пока воспоминания у былом удобстве еще свежи.
Разумеется, наличие или отсутствие подпола - это не тот критерий, который определяет выбор машины. Но при всех прочих равных я бы выбрал с ним.