Точного ответа на Ваш вопрос никто здесь не даст.
При установке автозапуска на МКПП используется либо физический датчик нейтрали, либо процедура постановки на охрану с "программной нейтралью". Это когда перед выключением зажигания, с брелка активизируется процедура "программной нейтрали" и при вынимании ключа сигналка держит включёнными цепи замка зажигания до тех пор, пока не закроются двери и не поставите машину на охрану. Этот алгоритм обычно отключается при программировании настроек сигналки.
А физического датчика нейтрали на наших машинах нет. Может установщик сигнализации что-нибудь и заколхозил (геркон, датчик магнитного поля, концевик или просто кусок жестянки) и этот колхозный датчик поломался.