Перепрошивка - это всего задание новых параметров работы движка... а кроме всяких нулевиков и прочих мелочей, которые мало что дают, можно поменять например распредвал... по него например зубчики в коробке, штаны... так что я думаю затюнить можно гораздо глубже... вопрос только надо ли оно?
Читал, что хороший фирменный глушитель от известной тюнинг-фирмы дает иногда прибавку в 15 л.с.
То же самое и с фильтрами - "нулевиками": хороший сабж стоит недешево.
А про "зубчики в коробке" - не думаю, что кто-то будет вскрывать коробку, перебирать и тюнить ее. Это слишком сложная процедура (ИМХО). Это не вам не жЫгуль