Всем спасибо за рекомендации. В общем нашел решение проблемы:
Так как я и предполагал процесс "BlueLineWindow" запускался из файла с другим наименованием, чтобы узнать это имя дописал в скрипте вот такие строки:
folder = SystemPath("ScriptPath")
active = ActiveWindow()
fpath = WindowProcess(active,TRUE)
Таким образом в fpath получил то, что так долго искал - это имя файла с полным путем. Оказалось искомый файл лежал даже не в папке Windows. Для тех у кого девайс :
ver. E8A9A27-CEUTSCC29A28-AKZ9B10 -прошивка головы
Samsung Electronics
Windows CE 5.00.0
58.7 MB RAM
ARM920T S3C2450 534Mhz
800*480 pixels
65536 color
Файл расположен в папке \FLASHDISK\$ZY$\BlueLine.exe
А дальше дело техники, перед стартом нужного приложения убиваем его:
Kill("\FLASHDISK\$ZY$\BlueLine.exe")
В конце скрипта восстанавливаем:
Run("\FLASHDISK\$ZY$\BlueLine.exe")
Теперь слава богу все работает отлично!
Ниже полный пример скрипта для запуска Navitel на моем девайсе: