Друзья! Такое ощущение, что не Вы в Уфе живете, а я.
Национальный музей республики Башкортостан, основан 23 апреля 1863 (или 1864 - не помню точно ) года, Советская, 14.
Далее - что ближе к "сердцу и по духу" - Музей Археологии и этнографии имени Рашита Гумеровича Кузеева - в 1980 году открыт - К.Маркса,6.
Музей геологии и полезных ископаемых РБ - один из самых серьезных в России по геологии - Ленина, 47.
Музеи различных личностей не упоминаю, в инете все можно найти. Но в эти, если будет время - обязательно. Тем более, что исторический центр Уфы относительно мал, а на транспорте - от точки до точки - 3-5 минут.